Lectura recomendadísima con unos cuantos consejos sobre cómo organizar los directorios de trabajo para facilitar la reproducibilidad, el orden homogéneo de todos nuestros proyectos, y nuestra salud mental en general. Cuanto menos, dan inspiración y refuerzan ideas o experiencias previas en el mundo de los sistemas de archivos. Además, molan porque son tan sencillos que ayudan hasta a los que más nos cuesta organizar las cosas. Traducidos al castellano, los comentarios más importantes serían:
- Crea una estructura estándar para tus proyectos, respétala en todo momento, conócela como la palma de tu mano, y reutilízala en cada proyecto que hagas. Por ejemplo:
- Ten un directorio por cada proyecto que tengas. Todo lo necesario para un proyecto debería estar en el mismo directorio raíz.
- Dentro del directorio principal del proyecto, al menos los tres siguientes sub-directorios:
- Código: todos los scripts, borradores de código, etc.
- Datos: todos los raw data, datos tabulares, etc. Todo lo que se generó durante un experimento, así como información proporcionada por otra persona.
- Resultados: todo lo generado usando código.
- Usa enlaces simbólicos (==symbolic links, o symlinks) (ln -s) para evitar la redundancia de datos. Importantísimo, que a la hora de llamar el comando ‘ln -s’ se haga usando la ruta completa del archivo de origen, incluyendo cuanto menos el directorio home (“~/ruta/al/archivo” en lugar de, por ejemplo, “../ruta/al/archivo”).
- Usa rutas (==paths) relativas entre sí. Por ejemplo, si trabajas en R, sitúa tu workingdirectory en “~/ProjectName” y haz las llamadas a lecturas de datos desde “Data/…”. ¿Que tienes algún dato o cosa que necesitas usar rápido y sin más importancia? Usa el consejo #2 (link simbólico a “Data/” ) para respetar la estructura decidida en la regla 1.
Si quieres más consejos a cuenta de la casa, continúa leyendo.
Continue reading
