Basándonos en estudios del RNA de la subunidad pequeña del ribosoma, podemos afirmar que algunas clases de ciliados están tan separadas entre sí como los animales de las plantas superiores (lo cual es MUCHO). Con todo, por muy diversos que puedan ser siguen siendo un grupo monofilético (todos proceden de un ancestro común, con lo que el grupo es biológicamente de confianza). Actualmente explicamos dicha diversidad con 2 subfilos y 11 clases.

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