Category Archives: *NIX

Computer Zines

Julia Evans es bastante conocida en el sector de la informática (sobre todo Linux) y la programación, pero quizá menos para los que somos satélite a la chicha del asunto.

El caso es que llegué a ella hace unas semanas a través de Mastodon, creo, porque ya me meto bastante poco en twitter, y descubrí sus “Wizard Zines”, unos libritos que ilustran superbien un montón de aspectos de programación (en general), de Linux, la línea de comandos, redes, e incluso sobre cómo debuguear. El formato es muy accesible, con muchas ilustraciones y metáforas, y un lenguaje muy sencillo para hacer las cosas lo más fácil posible.

Se pueden comprar impresos, o por un precio menor puedes descargar una copia digital en pdf.

Yo me estoy pensando echarle el guante a alguno que otro. Ojalá haber tenido recursos así hace quince años cuando empecé con este mundillo!

Están todos en https://wizardzines.com/

Viernes de escritorio

  • Ubuntu 22.04 (tampoco es que importe… de hecho llevo tiempo pensando en cambiar a Fedora o Debian).
  • Escritorio: GNOME 42
  • Tema Shell: Adwaita, claro/oscuro segun el momento.
  • Tema: Adwaita, claro/oscuro segun el momento.
  • Color de acento: Indigo/Purple
  • Iconos: Adwaita
  • Extensiones:
    • Dash to Dock
    • Night Theme Switcher
    • Workspace Indicator
    • Panel Corners
    • Replace Activities Text (con icono personalizado)
  • Wallpaper: Chakra Sirius

Estoy probando las apps de la tienda de FlatHub y estoy muy contento, sobre todo con Spot. Tambien he descubierto hace poco VSCodium. La verdad es que me dio pena cuando quitaron las esquinas redondas de GNOME, pero nada que no arregle una extension.

Entre todo esto y la soltura que tengo ya con la terminal, y la integracion por ssh con los servers y con github, me siento muy comodo y capaz. Y eso es clave en una estacion de trabajo.

Bonus: Night version 🙂

Things I wished I had known when I started using snakemake

Happy new year and all of that!

I am still VERY late in my catching up with papers. This is not helped by the fact that I’ve changed devices (again) and I am now in a Dell Machine, on a full GNOMEian experience worth of a separate entry. Paper newsletters will resume. For real. In the meantime, here goes a post for certain tips when using Snakemake.

Continue reading

Making a workflow

 

Wow!

This is my first kind of serious project in bioinformatics. I had to prepare some de novo transcriptome assemblies from weird organisms using publicly available data, and I took the chance to learn a little bit how to automate processes using bash scripting, virtual environments, a a lot of variables and flags.

I have named this pristine, and it can be found in my github repository.

I will keep working on it as I learn how to code and make new things. I recently saw a way to download and transfer fastq data into other softwares on-the-go as it is downloaded using UNIX pipes. I will try to check if something like this could be done, how cool.

Cheers!

(and no, I did not forget about the last post of the multicellularity story. I just need free time and energies to sit down and finish it :’) )

[shared] Reproducible analysis for the very lazy | Análisis reproducibles para los más flojos

Lectura recomendadísima con unos cuantos consejos sobre cómo organizar los directorios de trabajo para facilitar la reproducibilidad, el orden homogéneo de todos nuestros proyectos, y nuestra salud mental en general. Cuanto menos, dan inspiración y refuerzan ideas o experiencias previas en el mundo de los sistemas de archivos. Además, molan porque son tan sencillos que ayudan hasta a los que más nos cuesta organizar las cosas. Traducidos al castellano, los comentarios más importantes serían:

  1. Crea una estructura estándar para tus proyectos, respétala en todo momento, conócela como la palma de tu mano, y reutilízala en cada proyecto que hagas. Por ejemplo:
    1. Ten un directorio por cada proyecto que tengas. Todo lo necesario para un proyecto debería estar en el mismo directorio raíz.
    2. Dentro del directorio principal del proyecto, al menos los tres siguientes sub-directorios:
      1. Código: todos los scripts, borradores de código, etc.
      2. Datos: todos los raw data, datos tabulares, etc. Todo lo que se generó durante un experimento, así como información proporcionada por otra persona.
      3. Resultados: todo lo generado usando código.
  2. Usa enlaces simbólicos (==symbolic links, o symlinks) (ln -s) para evitar la redundancia de datos. Importantísimo, que a la hora de llamar el comando ‘ln -s’ se haga usando la ruta completa del archivo de origen, incluyendo cuanto menos el directorio home (“~/ruta/al/archivo” en lugar de, por ejemplo, “../ruta/al/archivo”).
  3. Usa rutas (==paths) relativas entre sí. Por ejemplo, si trabajas en R, sitúa tu workingdirectory en “~/ProjectName” y haz las llamadas a lecturas de datos desde “Data/…”. ¿Que tienes algún dato o cosa que necesitas usar rápido y sin más importancia? Usa el consejo #2 (link simbólico a “Data/” ) para respetar la estructura decidida en la regla 1.

Si quieres más consejos a cuenta de la casa, continúa leyendo.

Continue reading