Category Archives: Biología

Generate wordclouds of Gene Ontology GO terms using wordcloud, RColorBrewer and base::abbreviate() in R

I have two different Gene Ontology annotations for the genome annotation I am working with, and I’ve been trying different ways to quickly visualize Gene Ontology information, such as GO enrichment analysis using p-values as a proxy of significance (as per usual in genomic analyses). I thought of adapting this quick tutorial on wordcloud, but soon I noticed that sometimes the GO term human-readable descriptions are excruciatingly long, and the plots can become a total mess.

One option could be to inject a jumpline character after N words in the GO term string, which the R plotting engine seems to work fine with, but my first I thought was to abbreviate the words in the description. Perhaps unsurprised I learned that the foundational knowledge of R base has what I was looking for: the abbreviate() function.

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Manifiesto SolarPunk

SolarPunk album art by Various Artists under global pattern

Interesante las conexiones que pueda tener con el New Age, la estética de ciencia ficción naturalista, el futurismo y el positivismo.

Como dice en la descripción del álbum en Vapor Memory:

“Solarpunk is a dream, is a speculation, a science fiction – yet, it’s a possible future. It’s not retrofuturism, but instead a vision of how can we get there, to a better world. It is in our power to change the way we live, to think different, to abolish any kind of domination between ourselves and above nature. We have all the means to build a new kind of society: compassionate, ecological, inclusive for all cultures and identities, decentralized and free of political manipulation. Hi-tech may and should co-exist with the biosphere and we have the most powerful source of energy for that – our Sun. Let it shine our way as we look into the future! “

Vapor Memory. (2021) Various Artists : Solarpunk : A Possible Future [Video]. Available at: https://www.youtube.com/watch?v=9O55hfyEZ4s (Accessed: 11 March, 2021).

Redistribuido en este blog a través de su licencia original Creative Commons.

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Mis primeros 5 años de investigación 2014-2019 (II). Sobre los consejos y quienes los aconsejan

Escoge sabiamente los consejos, y a quienes los aconsejan

En la anterior entrada hablamos de cómo en la tesis uno se hace mayor y aprende a hacer las cosas por cuenta propia. La figura del mentor debería de estar ahí, idealmente, para guiar cuando sea necesario, aunque la realidad es algo diferente. Los jefes disponen de un tiempo limitado y no pueden estar ahí para todo, y tampoco creo que debiera correr toda la labor de guía a su cargo. Por tanto, se vuelve esencial aprender a comunicar tu trabajo a otras personas para buscar consejo o ayuda, y para a su vez ayudar a otros. Es aquí donde a veces se forma una zona gris donde el estudiante, en su estado natural de duda y falta de agencia por estar en camino de formarse, pueda otorgarle un peso desproporcionado a las opiniones de otros.

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Comentarios y apuntes 2014-2019: mis primeros 5 años de investigación (I)

La última foto de la última vez que pisé el sitio que una vez soñé.

Un día como este de hace diez años decidí que quería estudiar biología y ser biólogo; y en diciembre del año pasado acabé la tesis. En estos diez años ha habido una carrera, un máster, una tesis, solicitudes, “applications”, becas, admisiones, rejections, papers, proceso editorial, peer reviews, producción científica, congresos, trainings, … todas ellas grandísimas experiencias dignas de contar y recordar.

A raíz de haber acabado esta primera parte de la carrera científica (y en un momento de repensar seriamente si me quiero dedicar a ésto), veo buena la oportunidad de recopilar impresiones, experiencias y, sobre todo, consejos/advertencias para la gente que entra a estas etapas con mayor conocimiento de causa. Quizá así alguien pueda resolver dudas que yo mismo tuve, saber de antemano cosas que a mí me hubieran gustado, o le permita identificar señales de si las cosas van bien. En esta primera entrada empiezo con aspectos más abstractos y psicológicos, y en un futuro abordaré cosas más concretas.

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