Después de trece años es normal y esperable que Avatar 2 decepcione y que la primera no haya sobrevivido al paso del tiempo. Hasta la gente más fanboy de Avatar, como lo fui yo, ha acabado pensando lo mismo. Yo no vengo a hablar de esto, porque mil gentes han venido antes de mí para explicarlo mil veces mejor. (Empezando por Hello Future Me, Amanda the Jedi, o Sideways). Yo vengo a hacer el apunte de que lo más interesante de Avatar nunca fue la historia, si no el mundo, pero es una pena que en las pelis no se entre al detalle que merece.
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paper newsletter #02
A bit late this week, since we’re reaching the holidays, but here we are anyway. Remember I mostly skim through these, I take these briefings as a way to engage in the content, and that most of my sources come from Twitter and Mastodon:
- Things could be better: A very interesting read, all the more because the way it is written, on why the human mind tend to imagine how things could be better when prompted to imagine how things could be different. As in, we immediately jump to think about the better version of something, and not the worse version of something, when asked how a given thing could be different –no matter the wording of this question, the language it is asked in, etc . Are we poised for expecting or demanding improvement? I also find it amazingly well written and accessible. Papers should read like this.
- Moonlight2 for identifying driver genes: originally thought for cancer research, a nice mix of GRN inference and data mining to identify marker and driver genes. Could it be adapted for other types of data if provided with a different type of annotation –not cancer data and literature, but e.g. a given biological process of interest?
- scTensor detects many-to-many cell–cell interactions from single cell RNA-sequencing data: a tool that relies on ligand-receptor annotation and gene co-expression to infer interactions between cells. Especially interesting when describing de novo datasets.
More later this week!
paper newsletter #01
I’ve been meaning to do a newsletter to keep my readings/tabs organised for a while but I am terrible at getting things started. This is part of a motivation influx I had two months ago after a couple of congresses (the other part being having learned to code in functions and using markdowns) and after being subscribed to learnbyexample’s newsletter for almost a year now. I’ll do my best to explain in simple lay words the concept behind the papers/resources, most times having read only the abstract or skimmed through very quickly.
Let’s get started:
- Unclearing microscopy : a novel method to visualise cells without the need of a microscope, by “revealing” the cell membranes using a chemical reaction that is expanded volumetrically while keeping the original cell shape.
- Predicting evolution: a review on the major advances in evolutionary biology and population genetics, and how we can infer patterns on clonal competition across all biological systems studied. This hints at potential predictions of the principles of a modern evolutionary theory.
- Anticor_features: finding anticorrelation patterns in single cell data that can help identify divergent cell types. Also a way of performing negative controls in these studies to prevent excessive sub-clustering. A twitter thread here.
More soon!
Sueño de una noche de academia
(He rescatado y expandido esto de un hilo de twitter que borré haciendo purga de la cuenta por si acaso se va todo al traste por culpa del Melon Tusk.)
Hace unos meses tuve un sueño lúcido o vívido, en el que un profesor de universidad que tuve daba una clase a la que decidí ir de oyente. Paraba la clase varias veces para señalarme, mofarse e invitarme a marcharme por no estar a la altura, como en Whiplash pero sin llegar a revolear sillas. El tipo decía frases como “Recordemos que fuiste de los que peor se te daba resolver los problemas en X asignatura, así que, que haces aquí?” o “ Espero que no tenga que explicar las cosas de manera más fácil para Alberto, no voy a permitir que por culpa de alguien que no siga el ritmo todos mis alumnos se queden sin transformarse en auténticos profesionales de su hobby”.
Lo curioso es que en el sueño yo ya había defendido la tesis y estaba haciendo el postdoc, como ahora. O sea, que estaba siendo juzgado en un entorno de grado universitario, como si mi corta experiencia no valiese de nada. Como si yo no valiese nada. No me enteré de nada de la clase, lloré en silencio aguantándole la mirada y sentí que la frustración me paralizaba, pero no me marché de la clase. Aunque me sentí fuera de lugar, rechazado y humillado, no me marché porque 1) no iba a entrar al juego, 2) por demostrar que no se me doblega a base de esa actitud, y 3) porque irme hubiese significado defender la barrera elitista en la ciencia y estoy totalmente en contra de eso.
Cuando me desperté yo entendí que todo esto refleja miedos profundos de no encajar en la ciencia como profesión, de no estar al nivel de rigor que se exige para ser un buen científico. Y también un miedo a que la gente que me importa guarde un juicio de mí tan distinto del mío hacia ellos. Y supongo que también conecta con el miedo a sentir que no se pudiere comprender una situación como la mía de carrera corta (aunque sé que no es algo único, y trabajo constantemente en dejar de hablar de ello o de traerlo a la conversación, porque el tiempo va pasando y mi situación se va normalizando poco a poco).
Otra cosa que me impactó y a la que le estuve dando vueltas fue mi reacción dentro del sueño. Como decía arriba, fue un sueño vívido y tenía una sensación enorme de certeza de que aquello era real. Y a pesar del posible miedo que tuviese, me enorgulleció mi reacción de mantenerme firme y no entrar al juego. No iba a esconder que eran unas palabras hirientes, y que me afectaban, pero me aseguré de marcar una diferencia entre cómo me hacía sentir y cómo reaccionaba ante ese dolor. Todavía creo que fue lo mejor que pude hacer.
En fin, el poder de la mente. Lo bueno es que 1) fue un sueño, 2) ayuda a identificar raíces de los miedos, 3) muchas otras experiencias reales dicen lo contrario de lo que se propuso aquel profesor en mi sueño. Como leí una vez, no hay peor tormenta que la que se monta uno solito en la cabeza.
How to postdoc grant and not die in the process
The scientific career seems to follow a pattern of slight variations, from the feeling of senseless wandering (at first overwhelmed by a sea of knowledge as an undergrad or phd student, but later as skepticism and solipsism based on first-hand experience), to the uncertainty of what comes after our current stage (postdoc? Young PI? Faculty?). As many say, it doesn’t get easier -but it can get better and more rewarding. And to spark a bit of hope in the steps following the completion of the PhD, today I am drawing from my experience of applying to five postdoctoral fellowships in the past few months of 2021, to summarise what I have learned, what can be improved, and whatever might be of help.
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